Makoto Konno está en su último año de secundaria, pero tiene dificultades para decidir qué hacer con su futuro. Entre aguantar la presión de sus profesores y pasar el tiempo con sus mejores amigos, la vida de Makoto cambia repentinamente cuando descubre accidentalmente que es capaz de saltar a través del tiempo.
Toki wo Kakeru Shoujo sigue a Makoto mientras juega con su nuevo poder. Sin embargo, pronto aprende de la manera difícil que cada elección tiene una consecuencia, y que el tiempo es mucho más complicado de lo que parece.
