Años después de la Cuarta Guerra del Santo Grial, Waver Velvet se convierte en el jefe del departamento de Teorías de la Magia Moderna en la Torre del Reloj, sucediendo al título de Lord El-Melloi II. Waver y su aprendiz Gray se embarcan en la búsqueda de la verdad detrás de una misteriosa sombra que les acecha, mientras surgen problemas entre los magos de la Asociación.
